EMBL-EBI 官方在线课程 AlphaFold: an introductory guide to its strengths and limitations 的笔记，一节一篇。节与节之间用双链连起来，点进任意一篇，右侧的「反链」面板会显示还有哪些篇提到了它。
课程信息
小节
第一部分：入门指南（An introductory guide to its strengths and limitations）
| 小节 | 主题 | 笔记 |
|---|---|---|
| 1 | 蛋白质是什么，我们怎么知道它们的结构 | 什么是蛋白质？我们又是如何知道它们的结构的？ |
| 2 | 蛋白质折叠问题：为什么从序列算结构这么难 | 什么是蛋白质折叠问题？ |
| 3 | AlphaFold 是什么，它怎么解决结构预测问题 | AlphaFold 是什么 |
| 4 | AlphaFold 2 的强项与局限 | AlphaFold 2 的强项与局限 |
第二部分：验证与影响（Validation and impact）
| 小节 | 主题 | 笔记 |
|---|---|---|
| 5 | 预测结果是怎么被验证的：CASP 盲测 + 四类结构生物学证据 | AlphaFold2 的预测是怎么被验证的？ |
| 6 | 预测有多准：RMSD 与误差基线 | AlphaFold 2 的预测有多准？ |
| 7 | AF2 被科学家怎么用：九个案例，从结构解析到蛋白质设计 | AlphaFold 2 被科学家怎么用？ |
课程还有「输入与输出」「如何访问与预测」「进阶建模」「AlphaMissense」「AlphaFold 3」等章节，尚未整理成笔记。
相关笔记
- 注意力机制全解——另一门课 alphafold-decoded 第 3 课的配套笔记，讲清单头 / 多头 / Global 注意力与门控的机制。